какой конфиг использует mysql
Найти, какой файл настроек используется в mysql не так уж и просто, но можно.
strace /usr/bin/mysqld_safe
Если strace нет - пробуйте yum install strace
или apt-get install strace
или что там у вас еще.
После этой команды на экран посыпется масса всего, ваша задача найти нечто похожее на
stat("/etc/mysql/my.cnf", 0x7ffffc79cff0) = -1 ENOENT (No such file or directory)
stat("/etc/my.cnf", {st_mode=S_IFREG|0644, st_size=296, ...}) = 0
open("/etc/my.cnf", O_RDONLY)
зы: strace далеко не сразу выходит по Ctrl-C. Не пугайтесь.